Как бы сильно я не любил все эти сервера VDS и Bitrix VM очень часто мне все таки приходиться работать с ними. Тут наверно больше для себя делаю эту заметку

Что бы сайт работал как полагается в Bitrix VM необходимо выдать папка и файлам следующие параметры

Так как веб-сервер работает от имени пользователя bitrix, сделаем его владельцем папки и всего её содержимого:

chown -R bitrix:bitrix /home/bitrix/www/

для дополнительных сайтов:

chown -R bitrix:bitrix /home/bitrix/ext_www/папка_сайта/  

Ставим права на папки основного сайта:

cd /home/bitrix/www

find . -type d -exec chmod 775 {} \;
find . -type f -exec chmod 664 {} \;
find . -type d -exec chown bitrix:bitrix {} \;
find . -type f -exec chown bitrix:bitrix {} \;

Ставим права на папки дополнительных сайтов: 

 cd /home/bitrix/ext_www 

find . -type d -exec chmod 775 {} \; 
find . -type f -exec chmod 664 {} \; 
find . -type d -exec chown bitrix:bitrix {} \; 
find . -type f -exec chown bitrix:bitrix {} \;