$arSelect = Array("ID", "NAME", "DATE_ACTIVE_FROM");
$arFilter = Array("IBLOCK_ID"=>$iblock, "ACTIVE_DATE"=>"Y", "ACTIVE"=>"Y");
$res = CIBlockElement::GetList(Array(), $arFilter, false, Array(), $arSelect);
$i;
while($ob = $res->GetNextElement())
{
$i++;
$el = new CIBlockElement;
$ElementArray = Array("ACTIVE" => "N",);
$arFields = $ob->GetFields();
$el->Update($arFields['ID'], $ElementArray);
}
echo "отключено элементов: ".$i;

В переменной $iblock должен содержаться ID вашего инфоблока.

Готовое решение:

$arFilter = Array('IBLOCK_ID'=>$iblock, 'GLOBAL_ACTIVE'=>'Y');
$db_list = CIBlockSection::GetList(Array(), $arFilter, true);
$i;
while($ar_result = $db_list->GetNext())
{
$i++;
$bs = new CIBlockSection;
$arFields = Array("ACTIVE" => "N");
$bs->Update($ar_result['ID'], $arFields);
}
echo "отключено разделов: ".$i;